Hrvatska nogometna reprezentacija odigrala je osam susreta protiv Estonije ostvarivši pritom šest pobjeda i dva neodlučena ishoda.
Hrvatska je protiv Estonije odigrala prvu službenu utakmicu nakon proglašenja neovisnosti. Bilo je to na startu kvalifikacija za EP 1996. godine u Engleskoj.
Uzvratni susret je odigran u rujnu 1995. godine u Zagrebu uz uvjerljivu hrvatsku pobjedu 7-1. Tri gola je zabio Šuker (29, 58, 89), a među strijelce su se upisali i Mladen Mladenović (3), Alen Bokšić (29), Zvonimir Boban (41) i Igor Štimac (81). Pogodak za goste zabio je Reim u 17. minuti.
Protiv Estonije smo ponovo igrali u kvalifikacijama za Europsko prvenstvo u Portugalu 2004. godine. Dvoboj u Osijeku bio je prvi službeni nastup Otte Barića na hrvatskoj klupi, a susret igran 7. rujna 2002. završio je 0-0. Uzvratni susret je igran u lipnju 2003. u Tallinnu, a Hrvatska je pobijedila 1-0. Pogodak odluke zabio je Niko Kovač u 77. minuti.
Uslijedile su dvije međusobne utakmice u kvalifikacijama za Europsko prvenstvo 2008. godine u Austriji i Švicarskoj i dvije hrvatske pobjede. U Tallinnu je bilo 1-0, a u Zagrebu 2-0, a sva tri gola je zabio Eduardo da Silva. U Tallinnu je mrežu Marta Pooma zatresao u 32. minuti, a u Zagreb je zabio dva gola Pavelu Londaku u 39. i 50. minuti.
Posljednje dvije utakmice bile su prijateljske. U svibnju 2010. godine u Tallinnu je bilo 0-0, a dvije godine kasnije u Puli je bilo 3-1. Golove za hrvatsku vrstu zabili su Vedran Ćorluka (16), Nikola Kalinić (20) i Ognjen Vukojević (86), dok je strijelac za Estonce bio Vassiljev Konstantin (88).
HRVATSKA - ESTONIJA 8 6 2 0 16-2
Estonija - Hrvatska 0:2 (kvalifikacije za EP 1996 - Tallinn, 4. rujna 1994)
Hrvatska - Estonija 7:1 (kvalifikacije za EP 1996 - Zagreb, 3. rujna 1995)
Hrvatska - Estonija 0:0 (kvalifikacije za EP 2004 - Osijek, 7. rujna 2002)
Estonija - Hrvatska 0:1 (kvalifikacije za EP 2004 - Tallinn, 11. lipnja 2003)
Estonija - Hrvatska 0:1 (kvalifikacije za EP 2008 - Tallinn, 2. lipnja 2007)
Hrvatska - Estonija 2:0 (kvalifikacije za EP 2008 - Zagreb, 8. rujna 2007)
Estonija - Hrvatska 0:0 (prijateljska utakmica - Tallinn, 26. svibnja 2010)
Hrvatska - Estonija 3:1 (prijateljska utakmica - Pula, 25. svibnja 2012)