Kovač je klubu bavarskog velikana preuzeo 1. srpnja 2018. godine, a smijenjen je u studenom 2019. nakon 5:1 poraza od bivšeg mu kluba Eintrachta. U tom je periodu osvojio jedan naslov njemačkog prvaka, jedan DFB-Pokal i njemački Superkup.
Tiražni Bild u tekstu pod naslovom 'Kovačev pad počeo je s WhatsApp grupom igrača Bayerna' piše gdje su krenuli problemi za hrvatskog trenera u redovima njemačkog velikana, a dogodilo se to na ljetnoj predsezonskoj turneji tijekom serije utakmica International Champions Cupa.
Nakon utakmice protiv Juventusa u Philadelphiji Bayern je krenuo prema Miamiju na okršaj protiv Manchester Cityja, a momčadi su priključeni mnogi mladi igrači. Tijekom boravka u Miamiju momčad je isplanirala zajednički noćni izlazak, ali je sve Kovač dao zabranu. Igrači su bili razočarani jer su smatrali da su dobro trenirali, dok je Kovač želio da se fokusiraju na prijateljski ogled protiv Cityja. 'Igrači su bili demotivirani i razočarani', piše Bild.
Usprkos Kovačevoj zabrani neki igrači inzistirali su na izlasku, a navodno su 'revolt' i osnivanje Whatsapp grupe pod imenom 'Miami Nights' pokrenuli Rafinha, Alaba i Ribery. U grupu su dodani svi igrači. Neke od njih navodno je pri iskradanju iz hotela vidio Robert Kovač, ali bilo im je svejedno i zabavljali su se do zore i u hotel se vratili tek u 6 sati ujutro. U Bildovom tekstu ne navode se konkretno imena igrača koji su 'bančili' cijelu noć.
"Veliki test bio je vidjeti kako će Niko Kovač reagirati znajući da su igrači ignorirali njegove naredbe. A hrvatski stručnjak sve je odlučio ignorirati", piše Bild.
"Kada je trener izdao takvu naredbu onda je trebao sve popratiti i s posljedicama. Mi bismo to prihvatili. Ali time što Kovač nije reagirao, izgubio nas je. Momčad je opet zajedno izašla više puta sljedećih mjeseci. Respekt prema treneru tako izgubljen od starta", rekao je novinaru Bilda Christianu Falku jedan anonimni igrač Bayerna.