Premda njegov privatan život nije bio tako bogat događajima kao onaj Diega Maradone, i život brazilske nogometne legende Pelea bio je buran. Ženio se tri puta, a službeno je otac sedmero djece, jedno manje od Maradone.
Međutim, odbio je prepoznati Sandru Machado, rođenu 1964. iz veze s čistačicom. Nakon petogodišnje pravne bitke, sudovi su 1996. presudili u korist mlade žene. Iz te priče nastala je knjiga "Djevojka koju kralj nije želio", prije nego što je 2006. umrla od raka dojke sa samo 42 godine. Peleu će potom njegova dva unuka zamjeriti da ih je "napustio intelektualno, moralno i materijalno".
Iz prvog braka s Rosemeri Cholbi 1966. godine rodilo mu se troje djece - dvije djevojčice, Kely Cristina 1967. i Jennifer 1978., te dječak Edinho 1970. godine.
U to je vrijeme Pele također dobio kćer Flaviu, plod izvanbračne veze 1968. s novinarkom Lenitom Kurtz. Za razliku od Sandre Machado, on će je priznati 2002. godine.
"Službena" obitelj nastanila se u New Yorku 1975. nakon Peleova prelaska u Cosmos. Troje djece tamo će ostati s majkom nakon razvoda roditelja početkom 1980-ih.
Nakon razvoda Pele se zaljubio u Xuxu, mladu manekenku. Hodali su gotovo sedam godina, ali Xuxa je rekla da je veza prekinuta jer više nije bilo ljubavi.
Nakon što se sa 16 godina vratio u Brazil, Peleov sin se zbližio s ocem. Okušao se kao vratar, međutim njegovi pravni problemi učinili su ga poznatim. Godine 2017. osuđen na gotovo 13 godina zatvora zbog pranja novca od trgovine drogom, nekoliko je puta bio u zatvoru prije nego što mu je odobren režim djelomične slobode krajem 2019. Sada je tehnički direktor kluba u Londrini, u južnoj državi Parana.
Peleov drugi brak, s psihologinjom i pjevačicom gospela, Assirijom Lemos Seixas, počeo je 1994. Dvije godine kasnije postali su roditelji blizanaca Joshue i Celeste. Par se razišao nakon trinaest zajedničkih godina. Njegova bivša supruga je 2020. pokrenula pravni postupak zbog neplaćanja alimentacije.
Godine 2016., tada u dobi od 75 godina, Pele se po treći put oženio Marciom Cibele Aoki, 42-godišnjom poslovnom ženom, koju je upoznao u New Yorku 1980-ih, a zatim se ponovno sreo u dizalu u Sao Paulu 2010.
Treći brak je legenda nogometa opisala kao "definitivnu ljubav".